צומת נצרים היה אחד המוקדים האסטרטגיים והביטחוניים המשמעותיים ביותר ברצועת עזה. הצומת שכן בנקודה קריטית שבה הצטלבו הציר הצפון-דרומי של רצועת עזה עם הכביש המוביל מישראל אל ישוב נצרים. מיקומו הגיאוגרפי הפך אותו לנקודת חנק טבעית, שבה עברו מדי יום עשרות אלפי פלסטינים בדרכם בין צפון הרצועה לדרומה. מבחינה צבאית, השליטה בצומת נצרים אפשרה לישראל לנטר ולבקר את התנועה ברצועה כולה, ולמנוע הברחת נשק ומעבר של מבוקשים בין האזורים. הצומת כלל מחסום צבאי קבוע, עמדות שמירה מבוצרות, מגדלי תצפית ומערכות ביטחון מתקדמות.

במהלך האינתיפאדה השנייה, הפך צומת נצרים למוקד העימותים האלימים ביותר ברצועת עזה. כמעט בכל יום התרחשו בצומת ירי, הפגנות אלימות, ניסיונות חדירה והשלכת אבנים ובקבוקי תבערה. הצומת הפך לסמל של העימות הישראלי-פלסטיני, והתמונות ממנו שודרו לכל העולם. חיילי צה"ל שנשלחו לשמור על הצומת נחשפו לסכנות יומיומיות, ורבים מהם נפגעו במהלך השירות. המתח בצומת היה בלתי פוסק — ירי צלפים, מטענים, מארבים ומהומות המונים היו חלק מהשגרה. הצומת היה גם הנקודה שבה אירע אירוע מוחמד אלדורה המפורסם, שהפך לאחד מהאירועים המתועדים ביותר בתקשורת הבינלאומית.

מעבר לחשיבותו הצבאית, צומת נצרים היה גם נקודת המעבר היחידה עבור תושבי נצרים בדרכם מהישוב וחזרה. כל נסיעה אל הישוב חייבה מעבר דרך הצומת, תחת ליווי צבאי מלא באוטובוסים משוריינים. הנסיעה הקצרה יחסית מבחינה גיאוגרפית הפכה למסע מפרך ומסוכן שארך לעיתים שעות ארוכות, כאשר ירי ואבנים ליוו את השיירות באופן קבוע. ילדי נצרים גדלו עם המציאות הזו — הם ידעו שכל יציאה מהישוב וכל חזרה אליו כרוכה בסיכון ממשי לחיים. צומת נצרים לא היה רק מחסום צבאי; הוא היה הסמל של המחיר שתושבי נצרים שילמו מדי יום על ההתעקשות להישאר ולחיות בביתם.

האינתיפאדה הראשונה, שפרצה בדצמבר 1987, שינתה מן היסוד את החיים בנצרים. עד לפרוץ ההתקוממות, קיימו תושבי נצרים יחסי שכנות סבירים עם הכפרים הפלסטיניים הסמוכים, ועבודה פלסטינית בחקלאות ובבנייה הייתה דבר שבשגרה. עם תחילת האינתיפאדה, כל זה השתנה בן-רגע. הנסיעות מהישוב וחזרה הפכו למסוכנות, אבנים הושלכו על רכבים, חומרי נפץ הוטמנו בכבישים, וצמיגים בוערים חסמו את הדרכים. הישוב הקטן, עם כמה עשרות משפחות בלבד, מצא עצמו במוקד מעגל אלימות הולך ומתרחב. הצבא הגביר את נוכחותו, והתושבים החלו להתרגל לשגרת חיים שכללה ליווי צבאי קבוע, תקריות ירי ותחושה מתמדת של מצור.

למרות הקשיים, תושבי נצרים סירבו לעזוב. הקהילה התגבשה דווקא מתוך המצוקה, ותחושת השליחות התחזקה. בבית הכנסת הוקדשו תפילות מיוחדות לשלום החיילים והתושבים, הילדים המשיכו ללמוד בגנים ובבתי הספר, והחיים הקהילתיים נמשכו גם תחת האיום. החקלאות, שהייתה מקור הפרנסה העיקרי של רבים מהתושבים, נפגעה קשות כתוצאה מהאלימות, אך החקלאים המשיכו לעבד את אדמותיהם בעקשנות. האינתיפאדה הראשונה הניחה את התשתית לגל האלימות החמור עוד יותר שיגיע בעשור הבא, אך היא גם חיזקה את הנחישות של תושבי נצרים להישאר בביתם ולא להיכנע ללחץ.

ב-30 בספטמבר 2000, יומיים לאחר פרוץ האינתיפאדה השנייה, אירע בצומת נצרים אירוע שהפך לאחד המתוקשרים ביותר בהיסטוריה של הסכסוך הישראלי-פלסטיני. צלם הטלוויזיה הפלסטיני טלאל אבו-רחמה, שעבד עבור ערוץ 2 הצרפתי (France 2), צילם קטע ב אורך 59 שניות שהראה, לכאורה, ילד פלסטיני בן 12 בשם מוחמד אלדורה ואביו ג'מאל מסתתרים מאחורי חבית בטון בזמן חילופי אש בצומת. בסרטון נראה הילד נורה ונהרג, ואביו נפצע. הכתב הבכיר שארל אנדרלן, כתב ערוץ France 2 בירושלים, ערך את הקטע ושידר אותו עם פרשנות שייחסה את הירי לצד הישראלי.

הסרטון שודר ברחבי העולם והפך לסמל של האינתיפאדה השנייה. תמונתו של הילד הפחוד מסתתר מאחורי אביו הפכה לאחד הצילומים המוכרים ביותר של הסכסוך, ונשאה ברחובות ובהפגנות בעולם הערבי והמוסלמי כולו. חוקרים, עיתונאים ומומחים הטילו ספק רב בגרסה המקורית. מספר חקירות בלתי תלויות הראו שזווית הירי מעמדות צה"ל לא תאמה את מיקום הפציעות, וכי קיימות סתירות מהותיות בעדויות ובתיעוד. צלם France 2, טלאל אבו-רחמה, סירב שוב ושוב למסור את חומרי הגלם המלאים של הצילום לבדיקה, והצגת חומרים חלקיים בבתי משפט בצרפת העלתה שאלות כבדות משקל.

ב-2013 פרסם צה"ל את תוצאות חקירה מקיפה שנערכה על ידי מומחי בליסטיקה ואנליסטים צבאיים. מסקנות החקירה קבעו באופן חד-משמעי כי הירי מעמדות צה"ל בצומת נצרים לא יכול היה לפגוע בילד ובאביו, בשל זווית הירי, המרחק והמחסומים הפיזיים שהפרידו בין עמדות החיילים לבין המיקום שבו ישבו השניים. החקירה העלתה את האפשרות שמדובר בתעמולה מבוימת, או שהירי הגיע מכיוון פלסטיני. פרופסור ריצ'רד לנדס מאוניברסיטת בוסטון וחוקרים נוספים כינו את האירוע "Pallywood" — ביטוי שטבעו לתיאור ביום מדיה שנועד ליצור תמונות פרובוקטיביות. ללא קשר לפרשנויות, אירוע אלדורה הותיר חותם עמוק — הוא הפך את צומת נצרים לשם נרדף לעימות, וגרם נזק תדמיתי עצום לישראל בזירה הבינלאומית שנמשך שנים רבות.

החיים בנצרים לא היו חיים רגילים, לא בשום מובן. כל נסיעה מחוץ לגדר הישוב חייבה ליווי של אוטובוסים משוריינים — רכבים שחלונותיהם מוגנים בזכוכית חסינת-כדורים, כשכל אוטובוס מלווה בג'יפים צבאיים משוריינים. שיירות אלו יצאו בזמנים קבועים ובמסלולים שהשתנו מדי פעם מטעמי ביטחון, כשלעיתים ירי ואבנים מלווים את הדרך. הילדים שנסעו כל בוקר ללמוד, הנשים שיצאו לקנות מצרכים, הגברים שנסעו לעבודה — כולם חיו עם הידיעה שכל נסיעה עלולה להיות האחרונה. צה"ל הקצה גדוד וחצי — כלומר כ-700–900 חיילים — להגנה על ישוב של כ-80 משפחות בלבד. היחס היה כ-2 חיילים לכל תושב, אחד היחסים הגבוהים ביותר בהיסטוריה הצבאית הישראלית. מערך ההגנה כלל מגדלי תצפית, עמדות ירי מבוצרות, מחסומים, מוקשים, מצלמות וסיורים מתמידים.

למרות כל זה, תושבי נצרים התעקשו לחיות חיים רגילים ככל האפשר. שבתות נחגגו יחד בבית הכנסת, חגים חוגגו בשמחה, ילדים משחקים בחצרות, ובתי הגידול בחקלאות המשיכו לפעול. האמונה הדתית והתחושה השליחותית היו הדלק שהזין את הקהילה. "אנחנו כאן כי ארץ ישראל שלנו", חזרו התושבים ואמרו, "ואנחנו לא עוזבים". הרב אריאל טויל, רבה של נצרים, היה מרכז רוחני שהחזיק את הקהילה מלוכדת גם ברגעים הקשים ביותר. הנשים ניהלו את המשקים, הגברים שמרו על גדרות ועבדו בחקלאות, והילדים — הילדים פשוט גדלו בתוך המציאות הזו וידעו שהיא לא רגילה, אבל היא שלהם. החיים תחת אש לא היו רק סיפור של סבל; הם היו סיפור של עקשנות, אמונה ואהבת הארץ שעברה כל גבול.